Институт физики высоких энергий был организован в 1963 году и считается одним из крупнейших физических научных центров в России. С 1963 по 1974 гг. и с 1993 по 2003 гг. институт возглавлял известный физик-теоретик Анатолий Алексеевич Логунов. Именно при его участии в 1967 году в ИФВЭ был введён в строй уникальный ускоритель, который стал основой института и в течение пяти лет являлся крупнейшим в мире. Будучи директором ИФВЭ, А. А. Логунов помог разработать и развить экспериментальную базу института, вокруг которого вырос город ученых Протвино.
С 1977 по 1992 годы академик РАН А.А. Логунов работал ректором МГУ имени М. В. Ломоносова. До самой кончины в 2015 году А.А. Логунов был научным руководителем ИФВЭ. Научные работы академика лежали в области квантовой теории поля, сильного взаимодействия. Он также развивал собственную, оригинальную научную теорию — релятивистскую теорию гравитации.
30 декабря 2016 года академику А.А. Логунову исполнилось бы 90 лет. Решение о присвоении ИФВЭ его имени будет оформлено в ходе утверждения нового устава института.